Pathway Coverage:

Salmonella enterica subsp enterica serovar Gallinarum/pullorum
Chromosome: NC_022221, NC_016831
Plasmid/s: -
Total genes: 8656
Enzyme coding genes: 1485 [17% of genome]
Relevance-CutOff:
*) small values increases loading time.
Relevances: *) leaf blank for default scores.
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PATRIC:
PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
propanol degradation3/7432.8.3.8, 6.4.1.6, 1.1.1.80, 2.8.3.1
leucine metabolism6/14431.2.7.7, 4.1.3.4, 1.3.8.4, 5.4.3.7, 1.4.1.9, 6.4.1.4, 4.2.1.18, 4.1.1.1
tryptophan metabolism13/39333.5.99.5, 4.1.1.77, 4.2.1.80, 1.13.11.6, 4.2.1.55, 4.1.3.39, 1.1.1.71, 4.1.1.45, 1.2.1.32, 4.1.1.28, 3.5.1.9, 4.1.1.70, 1.2.3.7, 1.1.1.190, 1.1.1.110, 1.2.7.8, 3.7.1.3, 1.14.13.9, 2.6.1.7, 1.5.1.- , 1.4.3.21, 1.13.99.3, 1.13.11.11, 2.6.1.27, 2.6.1.28, 4.1.99.1
tyrosine metabolism5/15334.1.1.80, 1.13.11.27, 1.2.3.13, 1.3.1.43, 3.7.1.2, 2.6.1.79, 1.13.11.5, 5.2.1.2, 2.6.1.58, 2.6.1.5
phenylalanine metabolism6/14434.2.1.96, 4.2.1.91, 2.6.1.79, 1.2.1.39, 1.14.16.1, 5.1.1.11, 2.6.1.58, 4.1.1.43
methionine metabolism17/34504.1.1.80, 1.13.11.54, 3.1.3.77, 3.3.1.1, 2.1.1.5, 4.1.1.72, 2.1.1.10, 1.4.3.2, 3.2.2.16, 4.2.1.109, 2.5.1.43, 4.1.1.43, 4.1.1.1, 2.5.1.B21, 2.7.1.100, 5.3.1.23, 2.6.1.5
valine metabolism7/13541.3.99.12, 1.2.1.25, 1.1.1.31, 3.1.2.4, 1.2.1.27, 4.1.1.1
ethanol fermentation3/4754.1.1.1
palmitate biosynthesis4/8504.2.1.61, 4.2.1.58, 3.1.2.21, 3.1.2.14
arachidonate biosynthesis5/9561.14.19.2, 1.14.19.6, 1.14.19.-, 3.1.2.14
lipid metabolism26/47551.3.99.34, 1.3.1.101, 4.2.1.59 , 1.3.3.6, 3.1.1.23, 3.1.3.B14, 2.7.8.39, 2.7.8.38, 2.7.7.67, 2.7.8.11, 4.2.1.58, 2.4.1.B51, 2.5.1.42, 2.7.7.39, 3.1.1.79, 2.4.1.B50, 3.1.2.14 , 2.5.1.41, 1.1.1.261, 5.3.3.14, 2.3.1.38
cis-vaccenate biosynthesis2/4504.2.1.61, 3.1.2.14
dTDPLrhamnose biosynthesis4/4100
degradation of sugar alcohols11/15731.1.1.11, 1.1.1.9, 1.1.1.56, 2.7.1.144
sorbitol degradation1/1100
pantothenate biosynthesis3/6501.2.4.4, 6.3.2.36, 2.7.1.169
purine metabolism42/69612.7.4.11, 2.7.1.76, 3.1.4.17, 3.5.2.-, 3.5.4.2, 2.7.1.20, 3.2.2.7, 3.5.4.8, 3.5.4.6, 1.2.99.2, 1.2.7.4, 1.2.1.2, 1.1.99.33, 6.3.4.23, 6.3.4.3, 4.3.1.4, 2.1.2.-, 2.1.2.4, 1.21.4.2, 3.5.4.3, 3.5.4.15, 3.2.2.2, 4.1.1.21, 1.17.1.4 , 1.2.7.1, 1.17.4.-, 1.17.1.4
conversions19/41461.1.1.B4, 3.1.6.19, 3.8.1.2, 1.1.1.B3, 1.1.1.359, 1.14.14.5, 3.6.1.5, 3.1.1.2, 6.2.1.25, 1.97.1.1, 1.13.11.49, 1.8.1.14, 3.2.1.70, 1.8.99.3, 1.13.11.73, 1.6.5.2, 1.6.3.B1, 1.6.3.B2, 1.18.1.4, 2.4.1.13, 1.15.1.2, 1.8.5.2
histidine metabolism18/32561.1.1.111, 3.5.2.-, 1.4.3.22, 3.5.3.5, 3.5.3.13, 4.3.1.4, 3.5.1.8, 2.1.2.5, 4.1.1.22, 2.6.1.38, ?.?.?/1.1.1.27?, 1.14.13.5, 3.5.1.68, 2.6.1.58
isoprenid biosynthesis11/33332.5.1.B14, 2.5.1.32, 2.7.7.60, 2.5.1.85, 2.5.1.84, 4.1.1.33, 2.5.1.81, 2.7.1.B19, 1.3.1.83, 2.5.1.29, 2.7.4.B4, 2.5.1.30, 2.5.1.82, 1.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36, 2.7.4.2, 2.5.1.86, 2.5.1.89
geranylgeranyldiphosphate biosynthesis6/10602.7.7.60, 2.7.1.B19, 2.5.1.29, 2.7.4.B4
L-lactaldehyde degradation2/3671.2.1.22
lactate fermentation2/3675.1.2.1
chorismate metabolism8/11732.2.1.10, 1.4.1.24, 2.2.1.11
formaldehyde oxidation2/3674.4.1.22
CO2 fixation in Crenarchaeota4/15274.2.1.55, 1.1.1.298, 4.2.1.116, 6.2.1.36, 4.2.1.120, 1.3.1.84, 1.2.1.75, 5.1.99.1, 5.4.99.2, 6.4.1.3, 1.2.1.76
aspartate and asparagine metabolism7/11642.6.1.14, 6.1.1.23, 3.5.1.38, 3.5.1.3
citric acid cycle16/21761.2.7.3, 2.8.3.5, 1.1.1.299, 5.2.1.1, 4.1.1.32
CAM-carbon fixation3/4752.7.9.1
C4-carbon fixation6/8751.1.1.39, 1.1.1.82
pentose phosphate pathway9/10903.1.3.11
degradation of sugar acids14/18784.1.2.B11, 2.7.1.178, 4.2.1.140, 1.1.1.58
galactarate degradation4/4100
isoleucine metabolism8/11732.3.1.182, 1.2.7.7, 5.4.99.1
serine metabolism8/14573.1.3.38, 5.1.1.10, 1.1.1.29, 6.1.1.27, 5.1.1.18, 2.6.1.51
glutathione metabolism8/13623.5.2.9, 1.8.1.13, 3.4.19.9, 2.3.2.4, 6.3.1.9
hydrogen production3/6501.12.1.2, 1.12.1.3, 1.12.1.5
coenzyme M biosynthesis2/10203.1.3.71, 1.8.98.1, 2.8.4.1, 2.5.1.76, 1.1.1.272, 1.1.1.337, 4.4.1.19, 4.1.1.79
sulfur reduction1/1100
hydrogen oxidation1/1100
arachidonic acid metabolism4/22181.1.1.232, 1.1.1.196, 1.13.11.33, 1.13.11.34, 1.13.11.40, 1.1.1.184, 3.3.2.-, 3.3.2.7, 5.4.4.-, 4.4.1.20, 3.4.13.19, 5.3.99.2, 5.3.99.3, 1.1.1.189, 1.1.1.188, 5.3.99.4, 3.3.2.10, 1.14.14.1
gentisate degradation3/3100
heme degradation1/2501.3.1.24
pyrimidine metabolism24/31773.5.4.12, 3.5.4.30, 3.6.1.12, 1.3.5.2, 1.17.4.-, 3.2.2.8, 2.1.1.148
photosynthesis12/19633.1.3.11 , 1.2.1.13, 1.1.1.82, 1.97.1.12 , 2.7.9.1, 4.1.1.39, 3.1.3.37
photosynthesis light reaction1/2501.97.1.12
glycolysis11/19582.7.1.147, 2.7.1.146, 2.7.8.23, 2.7.1.90, 1.2.7.6, 1.2.1.9, 2.7.1.29, 2.7.1.1
degradation of pentoses11/13852.7.1.47, 5.4.99.-
ethylene glycol degradation1/1100
arabinose degradation4/5802.7.1.47
octane oxidation2/5401.14.15.3, 1.1.99.-, 1.18.1.1
alanine metabolism17/35493.1.2.4, 1.1.1.59, 2.6.1.19, 1.3.1.95, 1.4.1.1, 4.1.1.12, 2.6.1.18, 3.5.1.6, 1.4.99.1, 2.6.1.21, 1.4.3.1, 2.6.1.41, 1.4.3.22, 1.3.1.2, 1.4.1.2, 4.2.1.54, 2.8.3.1, 1.5.99.6
Entner Doudoroff pathway4/14294.1.2.51, 1.2.7.5, 4.2.1.39, 3.1.1.17, 1.1.1.118, 1.1.1.119, 1.1.1.47, 1.1.1.360, 1.2.99.8, 2.7.1.165
arginine metabolism20/33614.1.1.75, 3.5.3.12, 3.5.1.4, 1.13.12.1, 2.6.1.84, 1.2.1.54, 2.3.1.35, 3.5.3.7, 1.4.3.2, 2.1.3.9, 3.5.1.14, 3.5.1.53, 4.3.1.12
proline metabolism6/13462.6.1.8, 3.5.1.20, 1.5.99.13, 2.6.1.13, 1.5.5.2, 5.1.1.4, 1.5.1.1
Calvin-Benson-Bassham cycle9/13693.1.3.11 , 1.2.1.13, 4.1.1.39, 3.1.3.37
acetyl-CoA biosynthesis (from pyruvate)3/3100
oxidative decarboxylation of pyruvate3/3100
vitamin B1 metabolism10/12833.5.99.2, 4.1.99.17
siroheme biosynthesis2/2100
propionate fermentation6/10602.1.3.1, 4.1.1.41, 5.1.99.1, 5.4.99.2
incomplete reductive TCA cycle1/1100
heme metabolism9/12752.3.1.37, 1.3.3.3, 1.3.3.4
glutamate and glutamine metabolism13/32414.2.1.34, 2.6.1.19, 2.8.3.8, 4.1.3.22, 2.8.3.12, 4.1.1.70, 1.4.1.2, 1.4.7.1, 6.1.1.24, 3.5.1.38, 2.6.1.15, 6.3.5.7, 1.1.99.2, 4.3.1.2, 5.4.99.1, 3.5.1.3, 1.3.8.1, 1.2.1.24, 1.2.1.79
vitamin B6 metabolism7/8884.3.3.6
sulfopterin metabolism6/6100
tetrahydrofolate metabolism17/17100
NAD metabolism18/21863.2.2.5, 1.4.1.21, 6.3.5.1
NAD phosphorylation and dephosphorylation2/2100
denitrification2/3671.7.2.4
nitrate assimilation2/8251.14.99.39, 1.7.7.2, 1.7.7.1, 1.7.2.6, 1.18.6.1, 1.19.6.1
sulfate reduction6/16381.8.4.9, 1.12.98.B1, 1.8.1.18, 2.7.7.5, 1.8.2.1, 1.8.3.1, 1.8.7.1, 2.3.3.15, 1.13.11.18, 1.13.11.55
glutathione redox reactions1/1100
sulfate reduction dissimilatory3/3100
oxidative phosphorylation2/6331.18.1.3, 1.10.3.10 , 3.6.1.15, 1.10.2.2
vitamin B12 metabolism22/26851.14.99.40, 1.16.8.1, 1.14.13.83, 2.1.1.152
S-adenosyl-L-methionine cycle5/5100
cyclopropane fatty acid (CFA) biosynthesis1/1100
glycine metabolism1/9111.1.3.15, 2.6.1.44, 1.4.3.3, 2.1.4.1, 1.4.2.1, 2.6.1.4, 2.1.1.2, 2.6.1.45
folate polyglutamylation2/3676.3.4.3
urea cycle6/9673.5.1.54, 6.3.4.16, 6.3.4.6
acetoin fermentation1/5201.1.1.4, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
acetoin degradation1/5202.3.1.190, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
cysteine metabolism7/17415.1.1.10, 4.2.1.22, 1.13.11.20, 4.4.1.10, 1.8.1.6, 1.8.4.4, 4.4.1.25, 2.5.1.49, 2.5.1.65, 2.6.3.1
lysine metabolism12/41292.6.1.39, 3.5.1.30, 2.6.1.48, 1.5.1.21, 1.4.1.16, 4.2.1.52, 1.2.1.20, 1.3.99.7, 4.2.1.36, 2.3.3.14, 1.1.1.87, 1.1.1.286, 1.2.1.31, 2.6.1.36, 1.4.3.14, 1.5.3.7, 2.6.1.83, 5.4.3.2, 1.13.12.2, 1.4.1.18, 5.1.1.5, 4.2.1.114, 3.5.1.47, 1.5.1.9, 1.5.1.7, 1.5.1.10, 1.5.1.8, 1.2.1.31 , 2.3.1.89
acetate fermentation6/9673.1.2.20, 1.2.1.4, 1.2.7.1
mevalonate metabolism2/8251.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36
butanoate fermentation2/8254.2.1.55, 1.1.1.157, 2.7.2.7, 2.3.1.19, 1.3.8.1, 2.3.1.B4
2-methylcitrate cycle4/4100
glycogen metabolism8/11732.4.1.18, 3.2.1.33, 3.2.1.3
metabolism of disaccharids9/17533.2.1.85, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 5.3.1.26, 1.1.99.13, 5.4.99.16, 3.2.1.48, 2.7.1.144
trehalose biosynthesis3/5603.2.1.141, 3.2.1.68
lipid A biosynthesis11/17651.1.1.2, 1.1.1.21, 2.4.99.13 , 2.4.1.73, 3.5.1.108 , 2.4.1.58
lipid a core biosynthesis7/9782.4.1.73, 2.4.1.58
KDO transfer to lipid IVA1/2502.4.99.13
glutathione-mediated detoxification2/3673.4.19.9
CMP-KDO biosynthesis4/4100
UDP-GlcNAc biosynthesis4/4100
biotin biosynthesis7/7100
ribose degradation1/2505.4.99.-
aminopropanol phosphate biosynthesis2/3671.1.1.75
fructose and mannose metabolism1/1100
degradation of hexoses12/15803.2.1.51, 5.4.2.6, 2.7.7.10
rhamnose degradation3/3100
fucose degradation3/4753.2.1.51
galactonate degradation3/5604.1.2.B11, 4.2.1.140
metabolism of amino sugars and derivatives7/9782.5.1.56, 2.7.7.43
ascorbate metabolism5/7711.1.99.21, 1.1.99.32
threonine metabolism13/17761.2.7.11, 2.6.1.76, 2.3.1.31, 1.4.3.21
d-mannose degradation5/8633.2.1.24, 2.7.1.7, 2.7.7.22
galactose degradation1/1100
UDP-glucose biosynthesis1/2505.4.2.5
selenocysteine biosynthesis4/6672.9.1.2, 2.7.1.164
molybdenum cofactor biosynthesis4/10404.1.99.18, 2.7.7.76, 2.8.1.9, 2.8.1.12, 2.8.1.11, 2.7.7.80
triacylglycerol degradation2/4503.1.1.23, 3.1.1.79
methylglyoxal degradation3/4751.1.2.4
myo-inositol biosynthesis1/4253.1.3.8, 1.1.1.18, 5.5.1.4
lipid biosynthesis3/13231.1.1.2, 1.1.1.21, 2.7.8.11, 4.1.1.33, 2.5.1.42, 1.1.1.177, 2.7.7.39, 2.5.1.41, 2.7.4.2, 1.1.1.261
cardiolipin biosynthesis3/3100
glycine betaine biosynthesis1/3331.2.1.8, 1.1.99.1
choline biosynthesis1/1100
lactose degradation1/1100
glucuronate degradation5/5100
cellulose degradation2/2100
gamma-glutamyl cycle2/4503.5.2.9, 2.3.2.4
bile acid biosynthesis, neutral pathway1/1474.2.1.107, 6.2.1.28, 1.1.1.213, 1.14.13.95, 5.1.99.4, 2.3.1.65, 6.2.1.7, 1.1.1.181, 1.14.13.15, 1.14.13.17, 1.3.1.3, 1.17.99.-, 2.3.1.176
urea degradation1/3333.5.1.54, 6.3.4.6
allantoin degradation6/7861.7.3.3
thymine degradation1/4252.6.1.40, 3.5.1.6, 1.3.1.2
polyamine pathway8/22363.5.3.12, 4.1.1.96, 1.5.1.43, 4.1.1.86, 3.5.1.94, 6.3.1.11, 3.5.1.53, 1.5.3.13, 2.5.1.104, 3.5.3.24, 1.5.3.17, 2.4.2.28, 2.5.1.22, 2.5.1.23
gluconeogenesis6/9673.1.3.11 , 4.1.1.32, 2.7.9.2
phosphatidylethanolamine bioynthesis2/2100
galactitol degradation2/3672.7.1.144
galactose metabolism5/9563.2.1.85, 5.4.2.6, 5.3.1.26, 2.7.1.144
glyoxylate2/2100
flavin biosynthesis10/16631.1.1.302, 3.5.1.102, 2.7.1.161, 3.5.4.-, 1.5.1.30, 3.5.4.29
cyanate degradation1/2504.2.1.104
l-arabinose degradation3/3100
acetyl CoA biosynthesis1/6173.1.2.1, 2.8.3.3, 1.2.1.15, 1.2.1.18, 4.1.1.9
peptidoglycan biosynthesis13/17762.3.2.16, 2.3.2.17, 2.3.2.18, 6.3.2.7
sucrose degradation2/6332.4.1.71, 3.2.1.26, 1.1.99.13, 3.2.1.48
benzoyl-CoA degradation2/6331.1.1.259, 1.3.7.8, 3.7.1.-, 4.2.1.100
L-sorbose degradation2/2100
mannitol degradation1/1100
ketogluconate metabolism5/6831.1.99.3
adipate degradation4/4100
phenylacetat degradation (aerobic)1/4252.3.1.174, 1.14.13.- , 6.2.1.30
C4 photosynthetic carbon assimilation2/4501.1.1.82, 2.7.9.1
glycolate and glyoxylate degradation3/7433.1.3.85, 2.4.1.266, 1.1.99.14, 1.1.1.26
CDP-diacylglycerol biosynthesis4/4100
glucose and glucose-1-phosphate degradation1/1100
glycerol degradation4/4100
methane metabolism1/6171.1.3.13, 1.5.8.1, 2.1.1.21, 1.5.99.5, 1.5.8.2
methanol oxidation1/2501.1.3.13
4-hydroxyphenylacetate degradation7/8881.14.14.-
ubiquinone biosynthesis4/8502.2.2.-, 2.1.1.201 , 1.14.13.- , 2.5.1.39
phenylpropanoid biosynthesis2/11186.2.1.12, 1.14.13.36, 2.1.1.68, 2.1.1.104, 1.2.1.44, 1.1.1.195, 4.3.1.24, 2.3.1.133, 1.14.13.11
resorcinol degradation1/3331.13.11.37, 1.3.1.32
phenol degradation2/15135.3.2.6, 1.2.1.85, 3.7.1.9, 4.1.1.77, 4.2.1.80, 4.1.1.61, 6.2.1.27, 1.3.7.9, 1.13.11.1, 1.13.11.2, 5.5.1.1, 5.3.3.4, 1.14.13.7
methylsalicylate degradation1/1100
putrescine degradation1/1100
arsenate detoxification1/1100
3-phenylpropionate and 3-(3-hydroxyphenyl)propionate degradation to 2-oxopent-4-enoate1/5203.7.1.-, 1.14.13.127 , 1.13.11.16, 1.14.12.19
chlorophyll metabolism1/10102.5.1.62, 1.1.1.294, 1.14.13.122, 1.3.1.75, 1.17.7.2 , 6.6.1.1, 2.1.1.11, 1.14.13.81, 1.3.1.33
chlorophyll a biosynthesis1/2502.5.1.62
enterobactin biosynthesis3/3100
carnitine degradation4/6671.1.1.254, 1.1.1.108
thioredoxin pathway1/1100
vitamin E metabolism1/2502.1.1.95
vitamin K metabolism9/9100
KDO2-lipid A biosynthesis1/1100
lipid a precursor biosynthesis3/4753.5.1.108
lipoate biosynthesis4/4100
dolichyl-diphosphooligosaccharide biosynthesis1/10102.4.1.142, 2.4.1.265, 2.4.1.261, 2.4.1.83, 2.4.1.117, 2.4.1.132, 2.4.1.131, 2.4.1.141, 2.7.8.15
trans-farnesyl-diphosphate biosynthesis2/2100
undecaprenyl diphosphate biosynthesis1/2502.5.1.89
d-arabitol degradation1/2501.1.1.11
coenzyme A metabolism5/5100
l-lyxose degradation3/3100
fructose degradation1/1100
6-hydroxymethyl-dihydropterin diphosphate biosynthesis3/5603.1.4.56, 3.5.4.39
ppGpp biosynthesis3/3100
teichoic acid biosynthesis1/5202.7.8.12, 2.7.7.39, 2.4.1.187, 2.4.1.52
acyl carrier protein metabolism2/2100
pyruvate fermentation to propionate (acrylate pathway)1/4251.3.1.95, 4.2.1.54, 2.8.3.1
cyclohexanol degradation1/5201.1.1.258, 1.2.1.63, 1.1.1.245, 1.14.13.22
3-chlorocatechol degradation1/4251.13.11.1, 5.5.1.7, 1.3.1.32
sphingosine metabolism1/5201.3.1.27, 3.5.1.23, 2.7.1.91, 4.1.2.27
mannosylglycerate biosynthesis1/2502.4.1.217
starch degradation3/7433.2.1.2, 2.4.1.19, 3.2.1.54, 3.2.1.41
d-xylose degradation2/9224.2.1.43, 1.1.1.175, 1.1.1.179, 3.2.1.8, 3.2.1.37, 4.2.1.82, 3.1.1.68
melibiose degradation1/1100
trehalose degradation1/2505.4.99.16
carnitine metabolism1/2502.1.1.43
preQ0 biosynthesis3/3100
L-carnitine biosynthesis1/4251.2.1.47, 1.14.11.1, 1.14.11.8
degradation of aromatic, nitrogen containing compounds1/9113.1.3.41, 3.5.5.7, 3.5.1.4, 3.1.8.1, 3.8.1.8, 3.5.99.3, 3.5.99.4, 4.2.1.84
aldoxime degradation1/3333.5.1.4, 4.2.1.84
glucarate degradation1/1100
galacturonate degradation2/3671.1.1.58
cmp-n-acetylneuraminate biosynthesis1/3332.5.1.56, 2.7.7.43
ceramide biosynthesis1/4251.1.1.102, 2.3.1.50, 2.3.1.24
glutathione biosynthesis2/2100
biotin-carboxyl carrier protein assembly2/2100