Pathway Coverage:

Chlamydia trachomatis A2497
Chromosome: NC_017437, NC_016798
Plasmid/s: NC_017438: Plasmid0001
Total genes: 1868
Enzyme coding genes: 602 [32% of genome]
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PATRIC:
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PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
palmitate biosynthesis3/8384.2.1.61, 2.3.1.41, 4.2.1.58, 3.1.2.21, 3.1.2.14
arachidonate biosynthesis2/9224.2.1.-, 1.14.19.2, 2.3.1.41, 1.14.19.6, 1.14.19.-, 6.2.1.3, 3.1.2.14
lipid metabolism12/47261.3.99.34, 1.3.1.101, 1.3.1.34, 1.1.1.35, 5.1.2.3, 4.2.1.59 , 2.3.1.16, 1.3.99.3, 1.3.3.6, 3.1.1.23, 3.1.3.B14, 2.7.8.39, 2.7.8.38, 2.3.1.41, 3.1.1.-, 2.7.7.67, 2.7.8.11, 4.2.1.58, 2.1.1.79, 2.4.1.B51, 5.3.3.8, 4.2.1.17, 2.5.1.42, 2.7.7.39, 3.1.1.79, 6.2.1.3, 2.4.1.B50, 3.1.2.14 , 3.1.3.27, 2.5.1.41, 1.1.1.261, 5.3.3.14, 3.1.1.3, 3.1.4.14, 2.3.1.38
cis-vaccenate biosynthesis2/4504.2.1.61, 3.1.2.14
flavin biosynthesis8/16501.1.1.302, 3.5.1.102, 2.7.1.161, 3.5.4.-, 1.5.1.30, 3.5.4.29, 3.1.3.-, 1.5.1.41
chorismate metabolism7/11642.2.1.10, 1.4.1.24, 2.2.1.11, 1.1.1.282
isoprenid biosynthesis11/33332.5.1.B14, 2.5.1.32, 2.3.1.9, 2.5.1.85, 2.5.1.84, 4.1.1.33, 2.5.1.81, 2.7.1.B19, 1.3.1.83, 2.7.4.B4, 2.5.1.30, 2.5.1.82, 1.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 5.3.3.2, 2.7.1.36, 2.7.4.2, 2.5.1.86, 2.5.1.89
geranylgeranyldiphosphate biosynthesis8/10802.7.1.B19, 2.7.4.B4
L-lactaldehyde degradation1/3331.2.1.22, 1.1.1.77
lactate fermentation1/3331.1.2.3, 5.1.2.1
aspartate and asparagine metabolism4/11363.5.1.1, 6.3.5.4, 2.6.1.14, 6.1.1.22, 6.3.1.1, 3.5.1.38, 3.5.1.3
citric acid cycle7/21331.2.7.3, 2.8.3.5, 4.2.1.3, 4.1.3.6, 2.3.3.1, 4.1.3.34, 1.1.1.41, 1.1.1.42, 4.1.3.1, 1.1.1.299, 2.3.3.9, 5.2.1.1, 4.1.1.3, 1.3.5.1
CAM-carbon fixation1/4251.1.1.40, 4.1.1.31, 2.7.9.1
C4-carbon fixation3/8382.6.1.2, 1.1.1.39, 1.1.1.82, 1.1.1.40, 4.1.1.49
pentose phosphate pathway8/10803.1.3.11 , 5.1.3.15
CDP-diacylglycerol biosynthesis4/4100
glutathione metabolism2/13153.5.2.9, 1.8.1.13, 3.4.19.9, 2.3.2.4, 2.3.2.2, 6.3.2.2, 6.3.2.3, 1.8.1.7, 6.3.1.8, 3.4.11.2, 6.3.1.9
conversions8/41201.1.1.B4, 3.1.6.19, 3.8.1.2, 1.1.1.B3, 2.1.1.64, 1.2.1.3, 1.1.1.359, 1.14.14.5, 3.2.1.177, 3.6.1.5, 1.20.4.1, 3.1.1.2, 6.2.1.25, 1.97.1.1, 1.13.11.49, 1.8.1.14, 3.6.1.11, 1.16.3.1, 3.2.1.70, 1.8.99.3, 1.13.11.73, 1.6.5.2, 1.6.3.B1, 1.6.3.B2, 1.11.1.1, 1.7.1.4, 2.7.4.1, 1.18.1.4, 2.4.1.13, 1.15.1.2, 1.8.5.2, 2.8.1.1, 1.1.1.22
arachidonic acid metabolism2/2291.1.1.232, 1.1.1.196, 1.13.11.31, 1.13.11.33, 1.13.11.34, 1.13.11.40, 1.1.1.184, 3.3.2.-, 2.3.2.2, 1.11.1.9, 3.3.2.7, 5.4.4.-, 4.4.1.20, 3.4.13.19, 5.3.99.2, 5.3.99.3, 1.1.1.189, 1.1.1.188, 5.3.99.4, 3.3.2.10
lysine metabolism5/41122.3.1.117, 2.6.1.39, 3.5.1.30, 2.6.1.48, 1.5.1.21, 4.1.1.20, 1.4.1.16, 4.2.1.52, 1.2.1.20, 1.3.99.7, 4.2.1.36, 2.3.3.14, 1.1.1.87, 1.1.1.286, 1.2.1.31, 2.6.1.36, 1.4.3.14, 1.5.3.7, 5.4.3.2, 1.13.12.2, 1.4.1.18, 4.1.1.18, 2.3.1.32, 5.1.1.5, 4.2.1.114, 3.5.1.47, 2.6.1.-, 1.1.1.-, 1.5.1.9, 1.5.1.7, 1.5.1.10, 1.5.1.8, 1.2.1.31 , 3.5.1.18, 2.6.1.17, 2.3.1.89
pyrimidine metabolism10/31322.1.3.2, 3.5.4.5, 2.7.1.-, 3.5.4.1, 3.5.4.12, 3.5.4.30, 3.6.1.12, 4.1.2.4, 3.5.2.3, 1.3.98.1, 1.3.5.2, 2.4.2.10, 4.1.1.23, 5.4.2.7, 1.17.4.-, 3.2.2.8, 2.7.1.21, 2.4.2.4, 2.4.2.9, 2.7.1.48, 2.4.2.3
purine metabolism12/69172.7.4.11, 2.7.1.76, 3.1.4.17, 3.5.2.-, 5.4.99.18, 6.3.4.18, 2.7.2.1, 3.5.4.2, 2.4.2.7, 3.5.4.4, 2.7.1.20, 3.2.2.7, 4.6.1.1, 4.3.2.2, 6.3.4.4, 3.6.1.13, 2.4.2.14, 3.5.4.8, 3.5.4.6, 3.6.1.41, 1.2.99.2, 1.2.7.4, 4.1.2.4, 3.1.5.1, 1.2.1.2, 1.1.99.33, 6.3.4.23, 6.3.4.3, 4.3.1.4, 2.1.2.-, 2.1.2.4, 1.21.4.2, 1.7.1.7, 6.3.5.2, 3.5.4.3, 3.5.4.15, 3.5.4.10, 1.1.1.205, 2.7.1.73, 3.2.2.2, 4.3.1.17, 2.3.1.8, 5.4.2.7, 6.3.4.13, 4.1.1.21, 2.1.2.3, 6.3.2.6, 6.3.3.1, 6.3.5.3, 2.1.2.2, 1.17.1.4 , 3.2.2.1, 2.4.2.1, 1.2.7.1, 1.17.4.-, 1.17.1.4, 2.4.2.22
threonine metabolism4/17241.2.7.11, 1.2.1.10, 2.6.1.76, 2.3.1.29, 1.1.1.3, 2.7.1.39, 2.3.1.31, 1.1.1.103, 4.1.2.5, 1.4.3.21, 2.7.2.15, 4.3.1.19, 4.2.3.1
glycolysis9/19472.7.1.147, 2.7.1.146, 2.7.8.23, 5.1.3.15, 1.2.7.6, 1.2.1.9, 2.7.1.29, 2.7.1.1, 5.4.2.1, 5.4.2.12
heme metabolism10/12832.3.1.37, 1.3.3.3
acetyl-CoA biosynthesis (from pyruvate)3/3100
oxidative decarboxylation of pyruvate3/3100
vitamin B1 metabolism3/12253.5.99.2, 2.7.1.50, 2.7.1.49, 2.7.4.7, 4.1.99.17 , 2.7.6.2, 2.7.1.89, 2.5.1.3, 2.7.4.16
pantothenate biosynthesis1/6171.1.1.169, 2.1.2.11, 6.3.2.36, 2.7.1.169, 6.3.2.1
branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex1/1100
peptidoglycan biosynthesis11/17655.1.1.3, 2.3.2.16, 2.3.2.17, 2.3.2.18, 6.3.2.7, 3.6.1.27
incomplete reductive TCA cycle1/1100
sulfopterin metabolism2/6333.5.1.10, 3.5.4.16, 1.5.1.20, 2.1.2.2
tetrahydrofolate metabolism6/17354.1.2.50, 4.3.99.3, 6.3.4.20, 4.1.3.38, 2.6.1.85, 6.3.2.12, 3.6.1.-, 3.5.1.10, 3.5.4.16, 1.5.1.20, 2.1.2.2
sulfate reduction1/1662.7.1.25, 1.8.99.2, 1.8.4.9, 1.12.98.B1, 1.8.1.18, 1.8.4.8, 2.7.7.4, 2.7.7.5, 1.8.2.1, 1.8.3.1, 1.8.99.1, 1.8.7.1, 2.3.3.15, 1.13.11.18, 1.13.11.55
thioredoxin pathway1/1100
vitamin E metabolism1/2502.1.1.95
vitamin B12 metabolism1/2641.14.99.40, 3.1.3.73, 3.5.1.90, 2.7.1.156, 2.7.8.26, 2.7.7.62, 6.3.1.10, 6.3.5.10, 2.5.1.17, 1.16.8.1, 2.1.1.151, 2.1.1.196, 6.6.1.2, 6.3.5.9, 2.4.2.21, 2.1.1.130, 2.1.1.131, 1.14.13.83, 2.1.1.133, 1.3.1.54, 2.1.1.152, 2.1.1.132, 5.4.1.2, 4.99.1.3, 2.1.1.107
methionine metabolism3/3494.1.1.80, 2.1.1.14, 1.13.11.54, 3.1.3.77, 3.3.1.1, 3.2.2.9, 1.1.1.1, 2.6.1.57, 2.1.1.5, 4.1.1.72, 4.4.1.8, 2.5.1.48, 2.1.1.37, 2.1.1.10, 2.3.1.46, 4.1.1.74, 1.4.3.2, 2.5.1.6, 4.4.1.11, 2.1.1.13, 3.2.2.16, 4.2.1.109, 2.5.1.43, 1.8.4.12, 4.1.1.43, 4.1.1.1, 2.5.1.B21, 2.7.1.100, 5.3.1.23, 4.4.1.21, 2.6.1.5
S-adenosyl-L-methionine cycle1/5202.1.1.14, 3.2.2.9, 2.5.1.6, 4.4.1.21
vitamin K metabolism1/9112.5.1.74, 4.1.3.36, 2.2.1.9, 4.2.99.20, 5.4.4.2, 4.2.1.113, 6.2.1.26, 3.1.2.-
glycine metabolism1/9111.1.3.15, 2.6.1.44, 1.4.3.3, 2.1.4.1, 1.4.2.1, 2.6.1.4, 2.1.1.2, 2.6.1.45
folate polyglutamylation1/3336.3.4.3, 6.3.2.17
photosynthesis6/19321.18.1.2, 3.1.3.11 , 1.2.1.59, 1.2.1.13, 1.1.1.82, 1.1.1.40, 4.1.1.31, 2.7.1.19, 1.97.1.12 , 2.7.9.1, 4.1.1.39, 4.1.2.-, 3.1.3.37
Calvin-Benson-Bassham cycle6/13463.1.3.11 , 1.2.1.59, 1.2.1.13, 2.7.1.19, 4.1.1.39, 4.1.2.-, 3.1.3.37
benzoyl-CoA degradation1/6171.1.1.259, 1.1.1.-, 1.3.7.8, 3.7.1.-, 4.2.1.100
lipid A biosynthesis6/17352.-.-.-, 1.1.1.2, 1.1.1.21, 2.4.-.-, 2.4.99.13 , 2.4.1.44, 2.7.1.-, 2.4.1.58, 2.4.1.73, 3.5.1.108 , 2.4.1.58
KDO2-lipid A biosynthesis1/1100
lipid a core biosynthesis2/9222.-.-.-, 2.4.-.-, 2.4.1.44, 2.7.1.-, 2.4.1.58, 2.4.1.73, 2.4.1.58
lipid a precursor biosynthesis3/4753.5.1.108
biotin biosynthesis4/7572.6.1.62, 2.8.1.6, 6.3.3.3
ceramide biosynthesis1/4251.1.1.102, 6.2.1.3, 2.3.1.24
glycogen metabolism5/11453.2.1.20, 3.2.1.33, 3.2.1.3, 2.7.1.2, 1.1.5.2, 5.4.2.2
glycogen biosynthesis2/3672.4.1.186
KDO transfer to lipid IVA1/2502.4.99.13
trans-farnesyl-diphosphate biosynthesis2/2100
glutathione-mediated detoxification1/3333.4.19.9, 3.4.11.2
undecaprenyl diphosphate biosynthesis1/2502.5.1.89
CMP-KDO biosynthesis3/4753.1.3.45
cysteine metabolism2/17122.8.1.2, 5.1.1.10, 4.2.1.22, 4.4.1.1, 1.13.11.20, 4.4.1.10, 2.5.1.47, 1.8.1.6, 4.4.1.15, 1.8.4.4, 4.4.1.25, 2.5.1.49, 2.5.1.65, 2.6.3.1, 2.3.1.30
glutamate and glutamine metabolism2/3264.2.1.34, 4.2.1.-, 2.6.1.19, 2.8.3.8, 4.3.1.1, 4.1.3.22, 1.2.1.-, 2.8.3.12, 4.1.1.70, 4.1.1.15, 1.4.1.2, 1.4.1.4, 1.4.1.3, 5.1.1.3, 1.4.7.1, 1.4.1.14, 1.4.1.13, 6.3.1.2, 6.1.1.24, 3.5.1.38, 3.5.1.2, 2.6.1.15, 1.1.99.2, 4.3.1.2, 5.4.99.1, 3.5.1.3, 1.3.8.1, 1.2.1.24, 1.2.1.79, 1.2.1.16
gluconeogenesis2/9223.1.3.11 , 1.1.1.38, 1.1.1.40, 4.1.1.3, 4.1.1.49, 4.1.1.31, 2.7.9.2
coenzyme M biosynthesis1/10103.1.3.71, 1.8.98.1, 2.8.4.1, 2.5.1.76, 1.1.1.272, 1.1.1.337, 1.12.98.3, 4.4.1.19, 4.1.1.79
UDP-GlcNAc biosynthesis3/4752.3.1.157
coenzyme A metabolism1/5202.7.7.3, 2.7.1.33, 6.3.2.5, 4.1.1.36
ascorbate metabolism1/7144.1.1.85, 1.1.99.21, 3.1.1.-, 5.1.3.22, 5.1.3.4, 1.1.99.32
6-hydroxymethyl-dihydropterin diphosphate biosynthesis2/5403.6.1.-, 3.1.4.56, 3.5.4.39
lipoate biosynthesis3/4752.3.1.181
lipid biosynthesis2/13151.1.1.2, 1.1.1.21, 2.7.8.11, 4.1.1.33, 2.5.1.42, 1.1.1.177, 2.7.7.39, 3.1.3.27, 2.5.1.41, 2.7.4.2, 1.1.1.261
cardiolipin biosynthesis1/3332.7.8.-, 3.1.3.27
acyl carrier protein metabolism1/2503.1.4.14
phosphatidylethanolamine bioynthesis2/2100
alanine metabolism2/3563.1.2.4, 1.1.1.59, 2.6.1.19, 1.3.1.95, 1.3.99.3, 1.4.1.1, 5.1.1.1, 2.6.1.2, 1.2.1.3, 1.2.1.19, 4.1.1.11, 4.1.1.12, 5.1.1.13, 2.6.1.18, 3.5.1.6, 2.6.1.42, 1.4.99.1, 2.6.1.21, 1.4.3.1, 1.1.1.28, 2.6.1.41, 1.4.3.22, 3.5.2.2, 1.3.1.2, 4.2.1.17, 1.4.1.2, 2.8.3.-, 4.2.1.54, 1.5.3.-, 2.8.3.1, 6.2.1.17, 1.5.99.6, 2.6.1.66
molybdenum cofactor biosynthesis1/10104.1.99.18, 2.7.7.76, 2.7.7.77, 2.8.1.9, 2.7.7.75, 2.10.1.1, 2.8.1.12, 2.8.1.11, 2.7.7.80
NAD metabolism2/21103.2.2.5, 1.4.1.21, 1.4.3.16, 1.6.1.2, 1.6.1.1, 2.4.2.30, 3.6.1.22, 2.7.1.23, 6.3.1.5, 6.3.5.1, 3.5.1.19, 2.7.7.1, 3.5.1.42, 6.3.4.21, 2.7.7.18, 2.4.2.19, 3.2.2.14, 2.5.1.72, 2.7.1.22
glycine betaine biosynthesis1/3331.2.1.8, 1.1.99.1
choline biosynthesis1/1100
starch degradation1/7143.2.1.1, 3.2.1.20, 3.2.1.2, 2.4.1.19, 3.2.1.54, 3.2.1.41
metabolism of disaccharids2/17121.1.1.-, 3.2.1.85, 3.2.1.28, 2.4.1.15, 3.2.1.22, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 2.7.1.4, 5.3.1.26, 1.1.99.13, 5.4.99.16, 3.2.1.48, 2.7.1.144, 4.1.2.40, 3.1.3.12
sucrose degradation1/6171.1.1.-, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 1.1.99.13, 3.2.1.48
d-xylose degradation1/9114.2.1.43, 1.1.1.175, 1.1.1.179, 3.2.1.8, 3.2.1.37, 4.2.1.82, 3.1.1.68, 5.3.1.5
lactose degradation1/1100
histidine metabolism2/3265.3.1.16, 1.1.1.111, 3.5.2.-, 1.14.13.-, 1.2.1.3, 2.4.2.17, 1.4.3.22, 3.5.3.5, 3.5.3.8, 3.5.3.13, 4.3.1.4, 3.5.1.8, 2.1.2.5, 4.3.1.3, 4.1.1.22, 2.6.1.38, 1.1.1.23, 3.1.3.15, 2.6.1.9, 2.4.2.-, ?.?.?/1.1.1.27?, 1.14.13.5, 4.2.1.19, 3.5.2.7, 3.5.1.68, 2.6.1.58, 3.5.4.19, 3.6.1.31, 2.7.6.1, 4.2.1.49
allantoin degradation1/7143.5.3.-, 3.5.3.9, 3.5.2.5, 1.7.3.3, 3.5.2.17, 3.5.3.19
ubiquinone biosynthesis1/8131.14.13.-, 2.2.2.-, 2.1.1.201 , 1.14.13.- , 2.5.1.39, 4.1.3.40, 2.1.1.61
polyamine pathway2/2294.1.1.50, 3.5.3.11, 3.5.3.12, 4.1.1.96, 1.5.1.43, 2.3.1.57, 4.1.1.86, 1.2.1.-, 3.5.1.94, 6.3.1.11, 3.5.1.53, 1.5.3.13, 2.5.1.104, 3.5.3.24, 1.5.3.17, 4.1.1.17, 2.4.2.28, 2.5.1.16, 2.5.1.22, 2.5.1.23
arginine metabolism2/3364.1.1.75, 2.7.2.8, 3.5.1.16, 2.6.1.11, 3.5.3.11, 3.5.3.12, 3.5.1.4, 2.3.1.1, 3.5.3.1, 1.13.12.1, 3.5.3.6, 2.3.1.109, 2.6.1.84, 4.3.2.1, 2.7.2.2, 6.3.5.5, 1.2.1.54, 2.7.2.11, 2.3.1.35, 1.2.1.41, 3.5.3.7, 1.4.3.2, 1.2.1.38, 2.1.3.9, 3.5.1.14, 3.5.1.53, 3.5.3.23, 4.3.1.12, 3.5.1.96, 1.2.1.71, 2.6.1.81
tryptophan metabolism3/3983.5.99.5, 4.1.1.77, 4.2.1.80, 1.1.1.35, 1.13.11.6, 4.2.1.55, 4.1.3.39, 1.2.1.10, 2.3.1.9, 1.1.1.1, 1.1.1.71, 1.2.1.5, 4.1.1.45, 1.2.1.32, 2.4.2.18, 4.1.3.27, 4.1.1.28, 3.5.1.9, 4.2.1.17, 4.1.1.70, 1.2.3.7, 1.1.1.190, 4.1.1.48, 1.1.1.110, 4.1.1.74, 1.2.7.8, 3.7.1.3, 1.14.13.9, 2.6.1.7, 1.5.1.- , 1.4.3.21, 1.13.99.3, 1.13.11.11, 2.6.1.27, 2.6.1.28, 4.1.99.1
selenocysteine biosynthesis2/6332.9.1.1, 2.9.1.2, 2.7.1.164, 2.7.9.3
d-mannose degradation1/8133.6.1.21, 3.2.1.24, 4.2.1.47, 2.7.1.7, 2.7.7.13, 2.7.7.22, 5.3.1.8
tyrosine metabolism1/1574.1.1.80, 1.13.11.27, 1.2.3.13, 1.1.1.1, 1.3.1.43, 3.7.1.2, 2.6.1.79, 1.13.11.5, 5.2.1.2, 2.6.1.58, 1.3.1.12, 4.1.1.25, 4.1.99.2, 2.6.1.5
proline metabolism1/1382.6.1.8, 3.5.3.6, 3.5.1.20, 1.5.99.13, 2.7.2.11, 1.2.1.41, 1.2.1.88, 2.6.1.13, 1.5.5.2, 5.1.1.4, 1.5.1.1, 1.5.1.2
phenylalanine metabolism1/1474.2.1.96, 1.5.1.34, 1.1.1.1, 4.2.1.91, 2.6.1.57, 5.4.99.5, 2.6.1.79, 1.2.1.39, 1.14.16.1, 5.1.1.11, 2.6.1.58, 4.1.1.43, 4.2.1.51
leucine metabolism2/14142.3.3.13, 4.2.1.33, 1.1.1.85, 1.2.7.7, 1.1.1.1, 2.6.1.42, 4.1.3.4, 1.3.8.4, 5.4.3.7, 6.4.1.4, 4.2.1.18, 4.1.1.1
isoleucine metabolism1/1194.2.1.35, 2.3.1.182, 1.1.1.85, 1.2.7.7, 2.2.1.6, 2.6.1.42, 4.2.1.9, 1.1.1.86, 5.4.99.1, 6.2.1.17
valine metabolism1/1381.3.99.12, 1.2.1.25, 1.1.1.31, 3.1.2.4, 2.2.1.6, 1.1.1.1, 2.6.1.42, 4.2.1.9, 4.2.1.17, 1.1.1.86, 1.2.1.27, 4.1.1.1
biotin-carboxyl carrier protein assembly2/2100
CO2 fixation in Crenarchaeota1/1574.2.1.55, 1.1.1.298, 4.2.1.116, 6.2.1.36, 4.2.1.120, 1.1.1.36, 2.3.1.9, 1.3.1.84, 1.2.1.75, 5.1.99.1, 5.4.99.2, 6.4.1.3, 1.2.1.76, 1.1.1.-