Pathway Coverage:

Shigella boydii CDC 308394
Chromosome: NC_010658
Plasmid/s: NC_010659: pBS512_5, NC_010657: pBS512_33, NC_010660: pBS512_211, NC_010672: pBS512_7, NC_010656: pBS512_2
Total genes: 4557
Enzyme coding genes: 1328 [29% of genome]
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PATRIC:
PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
conversions16/41391.1.1.B4, 3.1.6.19, 3.8.1.2, 1.1.1.B3, 1.2.1.3, 1.1.1.359, 1.14.14.5, 3.6.1.5, 3.1.1.2, 6.2.1.25, 1.97.1.1, 1.13.11.49, 1.8.1.14, 3.2.1.70, 1.8.99.3, 1.13.11.73, 1.6.5.2, 1.6.3.B1, 1.6.3.B2, 1.11.1.1, 1.11.1.7, 1.18.1.4, 2.4.1.13, 1.15.1.2, 1.8.5.2
pyrimidine metabolism25/31813.5.4.1, 3.5.4.12, 3.5.4.30, 3.6.1.12, 1.17.4.-, 2.1.1.148
purine metabolism44/69642.7.4.11, 2.7.1.76, 3.1.4.17, 3.5.2.-, 2.7.1.20, 3.2.2.7, 3.6.1.3, 3.5.4.8, 3.5.4.6, 1.2.99.2, 1.2.7.4, 1.1.99.33, 6.3.4.23, 6.3.4.3, 4.3.1.4, 2.1.2.4, 1.21.4.2, 3.5.4.3, 3.5.4.15, 3.2.2.2, 1.17.1.4 , 3.2.2.1, 1.2.7.1, 1.17.4.-, 1.17.1.4
metabolism of disaccharids8/17473.2.1.85, 3.2.1.22, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 5.3.1.26, 1.1.99.13, 5.4.99.16, 3.2.1.48, 2.7.1.144
lactose degradation1/1100
degradation of sugar acids11/18614.1.2.21, 4.1.2.B11, 2.7.1.58, 2.7.1.178, 4.2.1.42, 4.2.1.6, 4.2.1.140
glucuronate degradation5/5100
polyamine pathway8/22363.5.3.12, 4.1.1.96, 1.5.1.43, 2.3.1.57, 4.1.1.86, 3.5.1.94, 3.5.1.53, 1.5.3.13, 2.5.1.104, 3.5.3.24, 1.5.3.17, 2.4.2.28, 2.5.1.22, 2.5.1.23
arginine metabolism17/33524.1.1.75, 3.5.3.12, 3.5.1.4, 3.5.3.1, 1.13.12.1, 3.5.3.6, 2.6.1.84, 2.7.2.2, 1.2.1.54, 2.3.1.35, 3.5.3.7, 1.4.3.2, 2.1.3.9, 3.5.1.14, 3.5.1.53, 4.3.1.12
alanine metabolism13/35373.1.2.4, 1.1.1.59, 1.3.1.95, 1.3.99.3, 1.4.1.1, 1.2.1.3, 1.2.1.19, 4.1.1.12, 5.1.1.13, 2.6.1.18, 3.5.1.6, 2.6.1.21, 1.4.3.1, 2.6.1.41, 1.4.3.22, 3.5.2.2, 1.3.1.2, 1.4.1.2, 2.8.3.-, 4.2.1.54, 6.2.1.17, 1.5.99.6
CMP-KDO biosynthesis4/4100
sucrose degradation2/6332.4.1.71, 3.2.1.26, 1.1.99.13, 3.2.1.48
benzoyl-CoA degradation2/6331.1.1.259, 1.3.7.8, 3.7.1.-, 4.2.1.100
degradation of sugar alcohols9/15601.1.1.11, 1.1.1.9, 1.1.1.14, 1.1.1.56, 2.7.1.144, 2.7.1.17
L-sorbose degradation2/2100
lysine metabolism12/41292.6.1.39, 3.5.1.30, 2.6.1.48, 1.5.1.21, 1.4.1.16, 1.2.1.20, 1.3.99.7, 4.2.1.36, 2.3.3.14, 1.1.1.87, 1.1.1.286, 1.2.1.31, 2.6.1.36, 1.4.3.14, 1.5.3.7, 2.6.1.83, 5.4.3.2, 1.13.12.2, 1.4.1.18, 2.3.1.32, 5.1.1.5, 4.2.1.114, 3.5.1.47, 1.5.1.9, 1.5.1.7, 1.5.1.10, 1.5.1.8, 1.2.1.31 , 2.3.1.89
CO2 fixation in Crenarchaeota3/15204.2.1.55, 1.1.1.298, 4.2.1.116, 6.2.1.36, 4.2.1.120, 1.1.1.36, 1.3.1.84, 1.2.1.75, 5.1.99.1, 5.4.99.2, 6.4.1.3, 1.2.1.76
propanol degradation3/7432.8.3.8, 6.4.1.6, 1.2.1.3, 1.1.1.80
leucine metabolism6/14431.2.7.7, 4.1.3.4, 1.3.8.4, 5.4.3.7, 1.4.1.9, 6.4.1.4, 4.2.1.18, 4.1.1.1
tryptophan metabolism12/39313.5.99.5, 4.1.1.77, 4.2.1.80, 1.13.11.6, 4.2.1.55, 4.1.3.39, 1.1.1.71, 1.2.1.5, 4.1.1.45, 1.2.1.32, 4.1.1.28, 3.5.1.9, 4.1.1.70, 1.2.3.7, 1.1.1.190, 1.1.1.110, 4.1.1.74, 1.2.7.8, 3.7.1.3, 1.14.13.9, 2.6.1.7, 1.5.1.- , 1.4.3.21, 1.13.99.3, 1.13.11.11, 2.6.1.27, 2.6.1.28
tyrosine metabolism3/15204.1.1.80, 1.13.11.27, 1.2.3.13, 1.3.1.43, 3.7.1.2, 2.6.1.79, 1.13.11.5, 5.2.1.2, 2.6.1.58, 4.1.1.25, 4.1.99.2, 2.6.1.5
phenylalanine metabolism6/14434.2.1.96, 4.2.1.91, 2.6.1.79, 1.2.1.39, 1.14.16.1, 5.1.1.11, 2.6.1.58, 4.1.1.43
methionine metabolism15/34444.1.1.80, 1.13.11.54, 3.1.3.77, 3.3.1.1, 2.1.1.5, 4.1.1.72, 2.1.1.10, 4.1.1.74, 1.4.3.2, 4.4.1.11, 4.2.1.109, 2.5.1.43, 1.8.4.12, 4.1.1.43, 4.1.1.1, 2.5.1.B21, 2.7.1.100, 5.3.1.23, 2.6.1.5
valine metabolism7/13541.3.99.12, 1.2.1.25, 1.1.1.31, 3.1.2.4, 1.2.1.27, 4.1.1.1
ethanol fermentation3/4754.1.1.1
palmitate biosynthesis4/8504.2.1.61, 4.2.1.58, 3.1.2.21, 3.1.2.14
arachidonate biosynthesis5/9561.14.19.2, 1.14.19.6, 1.14.19.-, 3.1.2.14
lipid metabolism24/47511.3.99.34, 1.3.1.101, 4.2.1.59 , 1.3.99.3, 1.3.3.6, 3.1.1.23, 3.1.3.B14, 2.7.8.39, 2.7.8.38, 2.7.7.67, 2.7.8.11, 4.2.1.58, 2.4.1.B51, 2.5.1.42, 2.7.7.39, 3.1.1.79, 2.4.1.B50, 3.1.2.14 , 2.5.1.41, 1.1.1.261, 5.3.3.14, 3.1.1.3, 2.3.1.38
cis-vaccenate biosynthesis2/4504.2.1.61, 3.1.2.14
threonine metabolism13/17761.2.7.11, 2.6.1.76, 2.3.1.31, 1.4.3.21
dTDPLrhamnose biosynthesis4/4100
pantothenate biosynthesis3/6501.2.4.4, 6.3.2.36, 2.7.1.169
mannitol degradation1/1100
flavin biosynthesis11/16691.1.1.302, 3.5.1.102, 2.7.1.161, 1.5.1.30, 3.5.4.29
ketogluconate metabolism3/6501.1.99.3, 1.1.1.69, 1.1.1.264
histidine metabolism13/32411.1.1.111, 3.5.2.-, 1.2.1.3, 1.4.3.22, 3.5.3.5, 3.5.3.8, 3.5.3.13, 4.3.1.4, 3.5.1.8, 2.1.2.5, 4.3.1.3, 4.1.1.22, 2.6.1.38, ?.?.?/1.1.1.27?, 1.14.13.5, 3.5.2.7, 3.5.1.68, 2.6.1.58, 4.2.1.49
chorismate metabolism8/11732.2.1.10, 1.4.1.24, 2.2.1.11
galactitol degradation2/3672.7.1.144
vitamin B6 metabolism7/8884.3.3.6
isoprenid biosynthesis12/33362.5.1.B14, 2.5.1.32, 2.5.1.85, 2.5.1.84, 4.1.1.33, 2.5.1.81, 2.7.1.B19, 1.3.1.83, 2.5.1.29, 2.7.4.B4, 2.5.1.30, 2.5.1.82, 1.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36, 2.7.4.2, 2.5.1.86, 2.5.1.89
geranylgeranyldiphosphate biosynthesis7/10702.7.1.B19, 2.5.1.29, 2.7.4.B4
formaldehyde oxidation2/3674.4.1.22
metabolism of amino sugars and derivatives7/9782.5.1.56, 2.7.7.43
adipate degradation4/4100
butanoate fermentation2/8254.2.1.55, 1.1.1.157, 2.7.2.7, 2.3.1.19, 1.3.8.1, 2.3.1.B4
phenylacetat degradation (aerobic)1/4252.3.1.174, 1.14.13.- , 6.2.1.30
aspartate and asparagine metabolism7/11642.6.1.14, 6.1.1.23, 3.5.1.38, 3.5.1.3
citric acid cycle13/21621.2.7.3, 2.8.3.5, 1.1.1.41, 1.1.1.299, 5.2.1.1, 4.1.1.3, 4.1.1.32, 1.3.5.1
CAM-carbon fixation3/4752.7.9.1
C4-carbon fixation6/8751.1.1.39, 1.1.1.82
gluconeogenesis6/9673.1.3.11 , 4.1.1.3, 4.1.1.32
photosynthesis11/19583.1.3.11 , 1.2.1.59, 1.2.1.13, 1.1.1.82, 1.97.1.12 , 2.7.9.1, 4.1.1.39, 3.1.3.37
C4 photosynthetic carbon assimilation2/4501.1.1.82, 2.7.9.1
pentose phosphate pathway9/10903.1.3.11
galacturonate degradation3/3100
galactarate degradation3/4754.2.1.42
glycolate and glyoxylate degradation3/7433.1.3.85, 2.4.1.266, 1.1.99.14, 1.1.1.26
serine metabolism8/14573.1.3.38, 5.1.1.10, 1.1.1.29, 6.1.1.27, 5.1.1.18, 2.6.1.51
isoleucine metabolism7/11642.3.1.182, 1.2.7.7, 5.4.99.1, 6.2.1.17
CDP-diacylglycerol biosynthesis4/4100
lactate fermentation1/3331.1.1.27, 5.1.2.1
glycerol degradation4/4100
glutathione metabolism7/13543.5.2.9, 1.8.1.13, 3.4.19.9, 2.3.2.4, 2.3.2.2, 6.3.1.9
methane metabolism1/6171.1.3.13, 1.5.8.1, 2.1.1.21, 1.5.99.5, 1.5.8.2
methanol oxidation1/2501.1.3.13
arachidonic acid metabolism1/2251.1.1.232, 1.1.1.196, 1.13.11.31, 1.13.11.33, 1.13.11.34, 1.13.11.40, 1.1.1.184, 3.3.2.-, 2.3.2.2, 3.3.2.7, 5.4.4.-, 4.4.1.20, 3.4.13.19, 5.3.99.2, 5.3.99.3, 1.1.1.189, 1.14.99.1, 1.1.1.188, 5.3.99.4, 3.3.2.10, 1.14.14.1
hydrogen production1/6171.12.7.2, 1.12.1.2, 1.12.1.3, 1.12.1.5, 1.12.98.4
hydrogen oxidation1/1100
4-hydroxyphenylacetate degradation7/8881.14.14.-
taurine degradation1/2501.4.99.2
ubiquinone biosynthesis4/8502.2.2.-, 2.1.1.201 , 1.14.13.- , 2.5.1.39
phenylpropanoid biosynthesis2/11186.2.1.12, 1.14.13.36, 2.1.1.68, 2.1.1.104, 1.2.1.44, 1.1.1.195, 4.3.1.24, 2.3.1.133, 1.14.13.11
resorcinol degradation1/3331.13.11.37, 1.3.1.32
aerobactin biosynthesis3/3100
photosynthesis light reaction1/2501.97.1.12
glutamate and glutamine metabolism12/32384.2.1.34, 2.8.3.8, 4.1.3.22, 2.8.3.12, 4.1.1.70, 1.4.1.2, 1.4.1.3, 1.4.7.1, 6.1.1.24, 3.5.1.38, 2.6.1.15, 6.3.5.7, 1.1.99.2, 4.3.1.2, 5.4.99.1, 3.5.1.3, 1.3.8.1, 1.2.1.24, 1.2.1.79, 1.2.1.16
acetate fermentation6/9673.1.2.20, 1.2.1.4, 1.2.7.1
glycolysis11/19582.7.1.147, 2.7.1.146, 2.7.8.23, 2.7.1.90, 1.2.7.6, 1.2.1.9, 2.7.1.29, 2.7.1.1
degradation of pentoses10/13775.3.1.3, 2.7.1.47, 2.7.1.53
ethylene glycol degradation1/1100
arabinose degradation3/5605.3.1.3, 2.7.1.47
L-lactaldehyde degradation1/3331.1.1.27, 1.1.1.77
proline metabolism5/13382.6.1.8, 3.5.3.6, 3.5.1.20, 1.5.99.13, 2.6.1.13, 1.5.5.2, 5.1.1.4, 1.5.1.1
heme metabolism11/12922.3.1.37
acetyl-CoA biosynthesis (from pyruvate)3/3100
oxidative decarboxylation of pyruvate3/3100
vitamin B1 metabolism9/12753.5.99.2, 4.1.99.17 , 2.7.6.2
arsenate detoxification1/1100
enterobactin biosynthesis3/3100
siroheme biosynthesis2/2100
peptidoglycan biosynthesis13/17762.3.2.16, 2.3.2.17, 2.3.2.18, 6.3.2.7
carnitine degradation3/6501.1.1.254, 1.1.1.108, 2.8.3.-
incomplete reductive TCA cycle1/1100
NAD metabolism14/21673.2.2.5, 1.4.1.21, 2.4.2.30, 6.3.5.1, 3.5.1.42, 3.2.2.14, 2.7.1.22
sulfopterin metabolism5/6833.1.3.1
tetrahydrofolate metabolism17/17100
NAD phosphorylation and dephosphorylation2/2100
nitrate assimilation2/8251.14.99.39, 1.7.7.2, 1.7.7.1, 1.7.2.6, 1.18.6.1, 1.19.6.1
sulfate reduction4/16251.8.99.2, 1.8.4.9, 1.12.98.B1, 1.8.1.18, 2.7.7.5, 1.8.2.1, 1.8.3.1, 1.8.99.1, 1.8.7.1, 2.3.3.15, 1.13.11.18, 1.13.11.55
glutathione redox reactions1/1100
thioredoxin pathway1/1100
lipid A biosynthesis11/17651.1.1.2, 1.1.1.21, 2.4.99.13 , 2.4.1.73, 3.5.1.108 , 2.4.1.58
lipid a core biosynthesis7/9782.4.1.73, 2.4.1.58
vitamin E metabolism1/2502.1.1.95
vitamin B12 metabolism7/26271.14.99.40, 3.1.3.73, 3.5.1.90, 6.3.1.10, 6.3.5.10, 1.16.8.1, 2.1.1.151, 2.1.1.196, 6.6.1.2, 6.3.5.9, 2.1.1.130, 2.1.1.131, 1.14.13.83, 2.1.1.133, 1.3.1.54, 2.1.1.152, 2.1.1.132, 5.4.1.2, 4.99.1.3
S-adenosyl-L-methionine cycle5/5100
vitamin K metabolism9/9100
cyclopropane fatty acid (CFA) biosynthesis1/1100
glycine metabolism1/9111.1.3.15, 2.6.1.44, 1.4.3.3, 2.1.4.1, 1.4.2.1, 2.6.1.4, 2.1.1.2, 2.6.1.45
folate polyglutamylation2/3676.3.4.3
urea cycle3/9333.5.1.54, 3.5.3.1, 2.7.2.2, 6.3.4.16, 6.3.4.6, 3.5.1.5
molybdenum cofactor biosynthesis5/10502.7.7.76, 2.8.1.9, 2.8.1.12, 2.8.1.11, 2.7.7.80
Calvin-Benson-Bassham cycle8/13623.1.3.11 , 1.2.1.59, 1.2.1.13, 4.1.1.39, 3.1.3.37
acetoin fermentation1/5201.1.1.4, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
acetoin degradation1/5202.3.1.190, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
KDO2-lipid A biosynthesis1/1100
lipid a precursor biosynthesis3/4753.5.1.108
UDP-GlcNAc biosynthesis4/4100
lipoate biosynthesis4/4100
cysteine metabolism6/17355.1.1.10, 4.2.1.22, 4.4.1.1, 1.13.11.20, 4.4.1.10, 1.8.1.6, 1.8.4.4, 4.4.1.25, 2.5.1.49, 2.5.1.65, 2.6.3.1
biotin biosynthesis7/7100
mevalonate metabolism2/8251.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36
glyoxylate2/2100
dolichyl-diphosphooligosaccharide biosynthesis1/10102.4.1.142, 2.4.1.265, 2.4.1.261, 2.4.1.83, 2.4.1.117, 2.4.1.132, 2.4.1.131, 2.4.1.141, 2.7.8.15
glycogen metabolism7/11643.2.1.20, 3.2.1.33, 3.2.1.3, 1.1.5.2
trehalose biosynthesis2/5405.4.99.15, 3.2.1.141, 3.2.1.68
glycogen biosynthesis1/3332.4.1.11, 2.4.1.186
KDO transfer to lipid IVA1/2502.4.99.13
trans-farnesyl-diphosphate biosynthesis2/2100
glutathione-mediated detoxification2/3673.4.19.9
undecaprenyl diphosphate biosynthesis1/2502.5.1.89
coenzyme M biosynthesis1/10103.1.3.71, 1.8.98.1, 2.8.4.1, 2.5.1.76, 1.1.1.272, 1.1.1.337, 1.12.98.3, 4.4.1.19, 4.1.1.79
ribose degradation2/2100
l-arabinose degradation3/3100
coenzyme A metabolism5/5100
fructose and mannose metabolism1/1100
degradation of hexoses10/15673.2.1.51, 5.4.2.6, 2.7.1.51, 5.3.1.14, 4.1.2.19
rhamnose degradation1/3335.3.1.14, 4.1.2.19
fructose degradation1/1100
galactose metabolism5/9563.2.1.85, 5.4.2.6, 5.3.1.26, 2.7.1.144
ascorbate metabolism5/7711.1.99.21, 1.1.99.32
6-hydroxymethyl-dihydropterin diphosphate biosynthesis3/5603.1.4.56, 3.5.4.39
ppGpp biosynthesis3/3100
d-mannose degradation6/8753.6.1.21, 2.7.1.7
sulfate reduction dissimilatory1/3331.8.99.2, 1.8.99.1
galactose degradation1/1100
UDP-glucose biosynthesis1/2505.4.2.5
cardiolipin biosynthesis3/3100
teichoic acid biosynthesis1/5202.7.8.12, 2.7.7.39, 2.4.1.187, 2.4.1.52
lipid biosynthesis3/13231.1.1.2, 1.1.1.21, 2.7.8.11, 4.1.1.33, 2.5.1.42, 1.1.1.177, 2.7.7.39, 2.5.1.41, 2.7.4.2, 1.1.1.261
acyl carrier protein metabolism2/2100
phosphatidylethanolamine bioynthesis2/2100
selenocysteine biosynthesis4/6672.9.1.2, 2.7.1.164
pyruvate fermentation to propionate (acrylate pathway)1/4251.3.1.95, 2.8.3.-, 4.2.1.54
cyclohexanol degradation1/5201.1.1.258, 1.2.1.63, 1.1.1.245, 1.14.13.22
triacylglycerol degradation1/4253.1.1.23, 3.1.1.79, 3.1.1.3
3-chlorocatechol degradation1/4251.13.11.1, 5.5.1.7, 1.3.1.32
methylglyoxal degradation3/4751.1.2.4
sphingosine metabolism1/5201.3.1.27, 3.5.1.23, 2.7.1.91, 4.1.2.27
myo-inositol biosynthesis1/4253.1.3.8, 1.1.1.18, 5.5.1.4
mannosylglycerate biosynthesis1/2502.4.1.217
starch degradation2/7293.2.1.20, 3.2.1.2, 2.4.1.19, 3.2.1.54, 3.2.1.41
d-xylose degradation2/9224.2.1.43, 1.1.1.175, 1.1.1.179, 3.2.1.8, 3.2.1.37, 4.2.1.82, 3.1.1.68
cellulose degradation2/2100
trehalose degradation1/2505.4.99.16
carnitine metabolism1/2502.1.1.43
gamma-glutamyl cycle1/4253.5.2.9, 2.3.2.4, 2.3.2.2
allantoin degradation3/7433.5.3.-, 3.5.3.9, 3.5.2.5, 1.7.3.3
propionate fermentation2/10204.2.1.79, 2.3.3.5, 4.1.3.30, 2.1.3.1, 5.1.99.1, 5.4.99.2, 2.8.3.-, 1.3.5.1
conversion of succinate to propionate1/1100
Entner Doudoroff pathway3/14214.1.2.51, 1.2.1.3, 1.2.7.5, 4.2.1.39, 3.1.1.17, 1.1.1.118, 1.1.1.119, 1.1.1.47, 1.1.1.360, 1.2.99.8, 2.7.1.165
fucose degradation2/4503.2.1.51, 2.7.1.51
preQ0 biosynthesis3/3100
phenol degradation1/1575.3.2.6, 1.2.1.85, 3.7.1.9, 4.1.1.77, 4.2.1.80, 4.1.1.61, 6.2.1.27, 1.3.7.9, 1.13.11.1, 1.13.11.2, 5.5.1.1, 5.3.3.4, 1.14.13.7, 1.14.13.1
L-carnitine biosynthesis1/4251.2.1.47, 1.14.11.1, 1.14.11.8
degradation of aromatic, nitrogen containing compounds1/9113.1.3.41, 3.5.5.7, 3.5.1.4, 3.1.8.1, 3.8.1.8, 3.5.99.3, 3.5.99.4, 4.2.1.84
aldoxime degradation1/3333.5.1.4, 4.2.1.84
cyanate degradation1/2504.2.1.104
glucarate degradation1/1100
2-methylcitrate cycle1/4254.2.1.79, 2.3.3.5, 4.1.3.30
l-lyxose degradation2/3672.7.1.53
cmp-n-acetylneuraminate biosynthesis1/3332.5.1.56, 2.7.7.43
octane oxidation1/5201.2.1.3, 1.14.15.3, 1.1.99.-, 1.18.1.1
ceramide biosynthesis1/4251.1.1.102, 2.3.1.50, 2.3.1.24
glutathione biosynthesis2/2100
biotin-carboxyl carrier protein assembly2/2100