Pathway Coverage:

Leisingera aquimarina DSM 24565
Chromosome: DSMZ_12
Plasmid/s: -
Total genes: 4780
Enzyme coding genes: 1892 [40% of genome]
Relevance-CutOff:
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PATRIC:
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PathwayCoverageCoverage in %missing enzymes
metabolism of disaccharids2/17123.2.1.85, 3.2.1.28, 2.4.1.15, 3.2.1.-, 3.2.1.22, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 3.2.1.23, 5.3.1.26, 1.1.99.13, 5.4.99.16, 3.2.1.48, 2.7.1.144, 4.1.2.40, 3.1.3.12
sucrose degradation1/6173.2.1.-, 2.4.1.71, 3.2.1.26, 1.1.99.13, 3.2.1.48
benzoyl-CoA degradation2/6331.1.1.259, 1.3.7.8, 3.7.1.-, 4.2.1.100
degradation of sugar alcohols6/15401.1.1.11, 1.1.1.9, 1.1.1.251, 1.1.1.17, 1.1.1.56, 1.1.1.140, 2.7.1.144, 4.1.2.40, 2.7.1.17
L-sorbose degradation1/2501.1.1.140
lysine metabolism14/41341.17.1.8, 3.5.1.30, 2.6.1.48, 1.5.1.21, 1.4.1.16, 4.2.1.52, 1.2.1.20, 1.3.99.7, 4.2.1.36, 2.3.3.14, 1.1.1.87, 1.1.1.286, 2.6.1.36, 1.4.3.14, 1.5.3.7, 2.6.1.83, 5.4.3.2, 1.13.12.2, 1.4.1.18, 4.1.1.18, 2.3.1.32, 5.1.1.5, 4.2.1.114, 1.5.1.9, 1.5.1.10, 1.5.1.8, 1.2.1.31
CO2 fixation in Crenarchaeota10/15671.1.1.298, 4.2.1.116, 4.2.1.120, 1.2.1.75, 1.2.1.76
propanol degradation6/7861.1.1.80
leucine metabolism11/14791.2.7.7, 5.4.3.7, 4.1.1.1
tryptophan metabolism20/39513.5.99.5, 1.13.11.6, 4.1.3.39, 1.1.1.71, 4.1.1.45, 1.2.1.32, 4.1.1.70, 1.2.3.7, 1.1.1.190, 1.1.1.110, 4.1.1.74, 1.14.13.9, 2.6.1.7, 1.5.1.- , 1.4.3.21, 1.13.99.3, 2.6.1.27, 2.6.1.28, 4.1.99.1
tyrosine metabolism8/15534.1.1.80, 1.2.3.13, 1.3.1.43, 2.6.1.79, 2.6.1.58, 4.1.99.2, 2.6.1.5
phenylalanine metabolism10/14712.6.1.79, 1.14.16.1, 2.6.1.58, 4.1.1.43
methionine metabolism18/34534.1.1.80, 1.13.11.54, 3.1.3.77, 2.1.1.5, 4.1.1.72, 4.1.1.74, 1.4.3.2, 3.2.2.16, 4.2.1.109, 2.5.1.43, 4.1.1.43, 4.1.1.1, 2.5.1.B21, 2.7.1.100, 4.4.1.21, 2.6.1.5
valine metabolism11/13851.2.1.25, 4.1.1.1
ethanol fermentation2/4502.3.1.54, 4.1.1.1
palmitate biosynthesis4/8504.2.1.61, 4.2.1.58, 3.1.2.21, 3.1.2.14
arachidonate biosynthesis4/9444.2.1.-, 1.14.19.2, 1.14.19.6, 1.14.19.-, 3.1.2.14
lipid metabolism23/47491.3.99.34, 1.3.1.101, 4.2.1.59 , 1.3.3.6, 3.1.3.B14, 2.7.8.39, 2.7.8.38, 3.1.1.-, 2.7.7.67, 2.7.8.11, 4.2.1.58, 2.4.1.B51, 5.3.3.8, 2.5.1.42, 2.7.7.39, 3.1.1.79, 2.4.1.B50, 3.1.2.14 , 2.5.1.41, 3.1.1.4, 1.1.1.261, 5.3.3.14, 3.1.4.14, 2.3.1.38
cis-vaccenate biosynthesis2/4504.2.1.61, 3.1.2.14
threonine metabolism14/17821.2.7.11, 1.4.3.21, 2.7.2.15
carnitine degradation1/6171.1.1.254, 6.2.1.-, 2.8.3.-, 1.3.99.-, 4.2.1.-
alginate biosynthesis1/2502.4.1.33
dTDPLrhamnose biosynthesis4/4100
sorbitol degradation1/1100
butanoate fermentation6/8752.7.2.7, 2.3.1.B4
cholesterol biosynthesis2/12171.1.1.270, 1.3.1.21, 5.3.3.5, 1.3.1.70, 1.3.1.72, 5.4.99.7, 1.14.13.72, 1.14.99.7, 2.5.1.21, 1.14.13.70
arachidonic acid metabolism4/22181.1.1.232, 1.1.1.196, 1.13.11.31, 1.13.11.33, 1.13.11.34, 1.13.11.40, 3.3.2.-, 1.11.1.9, 3.3.2.7, 5.4.4.-, 4.4.1.20, 5.3.99.2, 5.3.99.3, 1.1.1.189, 1.14.99.1, 1.1.1.188, 5.3.99.4, 3.3.2.10
flavin biosynthesis10/16631.1.1.302, 3.5.1.102, 2.7.1.161, 3.5.4.-, 3.5.4.29, 1.5.1.41
purine metabolism46/69672.7.4.11, 2.7.1.76, 3.5.2.-, 3.5.4.4, 3.2.2.7, 3.5.4.8, 3.5.4.6, 3.6.1.41, 1.2.7.4, 1.1.99.33, 6.3.4.23, 4.3.1.4, 2.1.2.-, 2.1.2.4, 1.21.4.2, 1.7.1.7, 3.5.4.15, 2.7.1.73, 3.2.2.2, 1.17.1.4 , 1.2.7.1, 1.17.4.-, 1.17.4.2
ketogluconate metabolism3/6501.1.1.274, 2.7.1.12, 1.1.1.264
conversions21/41511.1.1.B4, 3.1.6.19, 1.1.1.B3, 1.1.1.359, 1.14.14.5, 3.2.1.177, 3.6.1.5, 1.97.1.1, 1.13.11.49, 1.8.1.14, 3.2.1.70, 1.8.99.3, 1.13.11.73, 1.6.3.B1, 1.6.3.B2, 1.11.1.1, 1.18.1.4, 2.4.1.13, 1.15.1.2, 1.8.5.2
histidine metabolism18/32561.1.1.111, 3.5.2.-, 1.14.13.-, 1.4.3.22, 3.5.3.5, 3.5.3.8, 4.3.1.4, 3.5.1.8, 2.1.2.5, 4.1.1.22, 2.6.1.38, ?.?.?/1.1.1.27?, 1.14.13.5, 2.6.1.58
chorismate metabolism7/11642.2.1.10, 1.4.1.24, 2.2.1.11, 1.1.1.282
glycolate and glyoxylate degradation3/7433.1.3.85, 2.4.1.266, 2.7.1.31, 4.1.1.47
vitamin B6 metabolism5/8631.1.1.290, 4.3.3.6, 2.7.1.35
isoprenid biosynthesis13/33392.5.1.B14, 2.5.1.32, 2.5.1.85, 2.5.1.84, 4.1.1.33, 2.5.1.81, 2.7.1.B19, 1.3.1.83, 2.5.1.29, 2.7.4.B4, 2.5.1.82, 1.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36, 2.7.4.2, 2.5.1.86, 2.5.1.89
geranylgeranyldiphosphate biosynthesis7/10702.7.1.B19, 2.5.1.29, 2.7.4.B4
L-lactaldehyde degradation2/3671.1.1.77
lactate fermentation2/3675.1.2.1
coenzyme M biosynthesis3/10303.1.3.71, 1.8.98.1, 2.8.4.1, 2.5.1.76, 1.1.1.337, 1.12.98.3, 4.4.1.19
formaldehyde oxidation2/3674.4.1.22
serine metabolism9/14643.1.3.38, 5.1.1.10, 4.3.1.18, 2.7.1.31, 6.1.1.27
adipate degradation2/4501.3.99.-, 6.2.1.-
phenylacetat degradation (aerobic)3/4751.14.13.-
aspartate and asparagine metabolism5/11452.6.1.14, 6.1.1.22, 6.3.1.1, 6.1.1.23, 3.5.1.38, 3.5.1.3
citric acid cycle15/21711.2.7.3, 1.1.1.41, 4.1.3.1, 1.1.1.299, 4.1.1.3, 4.1.1.32
CAM-carbon fixation4/4100
C4-carbon fixation7/8882.6.1.2
gluconeogenesis6/9673.1.3.11 , 4.1.1.3, 4.1.1.32
photosynthesis14/19743.1.3.11 , 1.97.1.12 , 4.1.1.39, 4.1.2.-, 3.1.3.37
C4 photosynthetic carbon assimilation4/4100
Entner Doudoroff pathway6/14434.1.2.51, 1.2.7.5, 5.1.3.3, 1.1.1.118, 1.1.1.119, 1.1.1.360, 1.2.99.8, 2.7.1.165
pentose phosphate pathway7/10703.1.3.11 , 5.1.3.15, 1.1.1.44
degradation of sugar acids6/18334.1.2.21, 4.1.2.B11, 2.7.1.178, 2.7.1.45, 4.2.1.7, 3.2.1.31, 4.2.1.42, 4.2.1.40, 4.2.1.140, 5.3.1.12, 4.2.1.8, 1.1.1.58
glucuronate degradation1/5202.7.1.45, 3.2.1.31, 5.3.1.12, 4.2.1.8
galactarate degradation3/4754.2.1.42
isoleucine metabolism8/11734.2.1.35, 1.2.7.7, 5.4.99.1
CDP-diacylglycerol biosynthesis4/4100
methylglyoxal degradation3/4754.2.3.3
glycine metabolism4/9441.4.3.3, 2.1.4.1, 1.4.2.1, 2.6.1.4, 2.1.1.2
photorespiration1/1100
glycogen metabolism3/11272.4.1.18, 2.4.1.25, 3.2.1.20, 3.2.1.33, 3.2.1.3, 2.7.7.27, 2.4.1.1, 2.4.1.21
glucose and glucose-1-phosphate degradation1/1100
glycerol degradation4/4100
glycine betaine biosynthesis2/3673.1.4.4
ascorbate metabolism2/7294.1.1.85, 3.1.1.-, 5.1.3.22, 5.1.3.4, 1.1.99.32
glucose degradation (oxidative)1/1100
4-hydroxymandelate degradation8/11731.2.1.64, 1.2.1.7, 4.1.1.7
oxidative phosphorylation5/6831.10.3.10
glutathione metabolism8/13621.8.1.13, 3.4.19.9, 2.3.2.4, 6.3.1.8, 6.3.1.9
methane metabolism3/6501.1.3.13, 1.5.8.1, 1.5.99.5
methanol oxidation1/2501.1.3.13
hydrogen production2/6331.12.7.2, 1.12.1.5, 1.12.99.6, 1.12.98.4
methanogenesis from CO22/11181.12.98.2, 1.5.99.11, 1.1.98.B1, 2.3.1.101, 1.1.99.B7, 3.5.4.27, 1.5.99.9, 2.1.1.86, 6.3.2.33
4-hydroxyphenylacetate degradation4/8504.2.1.-, 4.1.2.-, 1.14.14.-, 1.14.14.9
phenol degradation7/15475.3.2.6, 1.2.1.85, 3.7.1.9, 4.1.1.61, 6.2.1.27, 1.3.7.9, 1.13.11.1, 5.3.3.4
protocatechuate degradation4/4100
gallate degradation2/4503.1.1.57, 4.1.3.17
L-carnitine biosynthesis1/4251.2.1.47, 4.2.1.-, 1.14.11.8
taurine degradation1/2501.4.99.2
methylsalicylate degradation1/1100
vitamin B12 metabolism17/26651.14.99.40, 3.1.3.73, 3.5.1.90, 2.7.8.26, 2.7.7.62, 6.3.1.10, 2.1.1.151, 2.1.1.196, 4.99.1.3
octane oxidation3/5601.1.99.-, 1.18.1.1
phenylmercury acetate degradation1/2504.99.1.2
pyrimidine metabolism23/31743.5.4.12, 3.5.4.30, 3.6.1.12, 1.17.4.-, 2.1.1.148, 2.7.4.14, 2.7.1.48, 2.4.2.3
photosynthesis light reaction1/2501.97.1.12
polyamine pathway12/22554.1.1.19, 4.1.1.-, 4.1.1.96, 1.5.1.43, 2.3.1.57, 1.5.3.13, 2.5.1.104, 3.5.3.24, 1.5.3.17, 2.5.1.23
glutamate and glutamine metabolism14/32444.2.1.34, 4.2.1.-, 4.3.1.1, 4.1.3.22, 2.8.3.12, 4.1.1.70, 4.1.1.15, 1.4.1.2, 1.4.1.4, 6.1.1.24, 3.5.1.38, 3.5.1.2, 2.6.1.15, 6.3.5.7, 1.1.99.2, 4.3.1.2, 5.4.99.1, 3.5.1.3
acetate fermentation6/9673.1.2.20, 1.2.1.4, 1.2.7.1
glycolysis11/19582.7.1.147, 2.7.1.146, 2.7.1.90, 5.1.3.15, 1.2.7.6, 2.7.1.29, 2.7.1.1, 5.4.2.12
Calvin-Benson-Bassham cycle9/13693.1.3.11 , 4.1.1.39, 4.1.2.-, 3.1.3.37
alanine metabolism20/35571.1.1.59, 1.3.1.95, 2.6.1.2, 4.1.1.11, 4.1.1.12, 5.1.1.13, 1.1.1.28, 2.6.1.41, 1.4.3.22, 1.4.1.2, 2.8.3.-, 4.2.1.54, 1.5.3.-, 1.5.99.6, 2.6.1.66
putrescine degradation1/1100
d-arabinose degradation1/8134.2.1.141, 4.2.1.43, 4.2.1.5, 3.1.1.30, 1.1.1.116, 1.1.1.B35, 3.2.1.55
arginine metabolism21/33644.1.1.75, 1.13.12.1, 4.1.1.19, 3.5.3.6, 2.3.1.109, 2.6.1.84, 2.7.2.2, 1.2.1.54, 1.4.3.2, 2.1.3.9, 3.5.3.23, 1.2.1.71
proline metabolism6/13462.6.1.8, 3.5.3.6, 3.5.1.20, 1.5.99.13, 1.2.1.88, 1.5.5.2, 1.5.1.1
acetyl-CoA biosynthesis (from pyruvate)3/3100
oxidative decarboxylation of pyruvate3/3100
vitamin B1 metabolism6/12503.5.99.2, 2.7.1.50, 2.7.1.49, 4.1.99.17 , 2.7.1.89, 2.7.4.16
pantothenate biosynthesis3/6501.1.1.169, 6.3.2.36, 2.7.1.169
branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex1/1100
arsenate detoxification1/1100
thymine degradation3/4752.6.1.40
siroheme biosynthesis2/2100
heme metabolism11/12921.2.1.70
propionate fermentation5/10504.2.1.79, 4.2.1.99, 2.1.3.1, 4.1.1.41, 2.8.3.-
incomplete reductive TCA cycle1/1100
NAD metabolism13/21623.2.2.5, 1.4.1.21, 2.4.2.30, 2.7.7.1, 3.5.1.42, 6.3.4.21, 3.2.2.14, 2.7.1.22
sulfopterin metabolism5/6833.5.1.10
tetrahydrofolate metabolism15/17884.1.2.50, 3.5.1.10
creatinine degradation5/8633.5.4.21, 1.5.99.2, 1.5.99.1
NAD phosphorylation and dephosphorylation2/2100
denitrification3/3100
nitrate assimilation2/8251.14.99.39, 1.7.7.2, 1.7.2.6, 1.7.99.1, 1.18.6.1, 1.19.6.1
sulfate reduction9/16561.8.99.2, 1.12.98.B1, 1.8.1.18, 2.7.7.5, 1.8.99.1, 1.13.11.18, 1.13.11.55
glutathione redox reactions1/1100
thioredoxin pathway1/1100
sulfite oxidation2/2100
vitamin E metabolism1/2502.1.1.95
S-adenosyl-L-methionine cycle4/5804.4.1.21
vitamin K metabolism3/9332.5.1.74, 4.1.3.36, 2.2.1.9, 4.2.99.20, 5.4.4.2, 4.2.1.113
carnitine metabolism1/2503.4.-.-
ubiquinone biosynthesis2/8251.14.13.-, 2.2.2.-, 2.1.1.201 , 1.14.13.- , 4.1.1.-, 4.1.3.40
cyclopropane fatty acid (CFA) biosynthesis1/1100
folate polyglutamylation3/3100
urea cycle5/9562.7.2.2, 6.3.4.16, 6.3.4.6, 3.5.1.5
molybdenum cofactor biosynthesis5/10502.7.7.76, 2.8.1.9, 2.7.7.75, 2.8.1.11, 2.7.7.80
acetoin fermentation1/5201.1.1.4, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
acetoin degradation1/5202.3.1.190, 4.1.1.5, 1.1.1.303, 1.1.1.304
lipid A biosynthesis5/17292.4.99.14, 2.-.-.-, 1.1.1.2, 1.1.1.21, 2.4.-.-, 2.4.99.13 , 2.4.99.12, 2.4.1.44, 2.4.1.58, 2.4.1.73, 3.5.1.108 , 2.4.1.58
KDO2-lipid A biosynthesis1/1100
lipid a core biosynthesis2/9222.4.99.14, 2.-.-.-, 2.4.-.-, 2.4.1.44, 2.4.1.58, 2.4.1.73, 2.4.1.58
lipid a precursor biosynthesis3/4753.5.1.108
UDP-GlcNAc biosynthesis4/4100
bile acid biosynthesis, neutral pathway2/14144.2.1.107, 6.2.1.28, 1.1.1.213, 1.14.13.95, 2.3.1.65, 6.2.1.7, 1.1.1.181, 1.14.13.15, 1.14.13.17, 3.5.1.24, 1.3.1.3, 1.17.99.-
lipoate biosynthesis2/4502.7.7.63, 6.2.1.20
cysteine metabolism8/17475.1.1.10, 4.2.1.22, 1.13.11.20, 4.4.1.10, 1.8.1.6, 1.8.4.4, 4.4.1.25, 2.5.1.65, 2.6.3.1
biotin biosynthesis7/7100
ceramide biosynthesis2/4501.1.1.102, 2.3.1.24
mevalonate metabolism2/8251.1.1.88, 1.1.1.34, 1.1.1.B38, 2.3.3.10, 2.7.4.26, 2.7.1.36
gamma-glutamyl cycle3/4752.3.2.4
sulfoacetaldehyde degradation1/1100
2-methylcitrate cycle2/4504.2.1.79, 4.2.1.99
glyoxylate1/2504.1.3.1
peptidoglycan biosynthesis13/17762.3.2.16, 2.3.2.17, 2.3.2.18, 1.3.1.98
dolichyl-diphosphooligosaccharide biosynthesis1/10102.4.1.142, 2.4.1.265, 2.4.1.261, 2.4.1.117, 2.4.1.132, 2.4.1.-, 2.4.1.131, 2.4.1.141, 2.7.8.15
trans-farnesyl-diphosphate biosynthesis2/2100
glutathione-mediated detoxification2/3673.4.19.9
decaprenyl-diphosphate biosynthesis1/4252.5.1.84, 2.5.1.82, 2.5.1.86
undecaprenyl diphosphate biosynthesis1/2502.5.1.89
homocysteine biosynthesis1/1100
CMP-KDO biosynthesis3/4753.1.3.45
degradation of pentoses5/13385.3.1.3, 2.7.1.47, 1.2.1.21, 5.3.1.4, 5.1.3.22, 5.1.3.4, 2.7.1.53, 2.7.1.16
ribose degradation2/2100
coenzyme A metabolism5/5100
fructose and mannose metabolism1/1100
degradation of hexoses5/15333.2.1.51, 5.4.2.6, 2.7.1.6, 5.3.1.25, 2.7.1.51, 5.3.1.14, 2.7.1.5, 4.1.2.19, 2.7.7.12, 2.7.7.10
fructose degradation1/1100
galactonate degradation2/5404.1.2.21, 4.1.2.B11, 4.2.1.140
6-hydroxymethyl-dihydropterin diphosphate biosynthesis3/5603.1.4.56, 3.5.4.39
ppGpp biosynthesis3/3100
d-mannose degradation5/8633.6.1.21, 3.2.1.24, 2.7.1.7
sulfate reduction dissimilatory1/3331.8.99.2, 1.8.99.1
galactose degradation1/1100
UDP-glucose biosynthesis1/2505.4.2.5
phosphinothricin tripeptide biosynthesis1/1100
lipid biosynthesis3/13231.1.1.2, 1.1.1.21, 2.7.8.11, 4.1.1.33, 2.5.1.42, 1.1.1.177, 2.7.7.39, 2.5.1.41, 2.7.4.2, 1.1.1.261
cardiolipin biosynthesis2/3672.7.8.-
acyl carrier protein metabolism1/2503.1.4.14
phosphatidylethanolamine bioynthesis2/2100
selenocysteine biosynthesis4/6672.9.1.2, 2.7.1.164
pyruvate fermentation to propionate (acrylate pathway)1/4251.3.1.95, 2.8.3.-, 4.2.1.54
3-oxoadipate degradation1/1100
acetone degradation2/2100
triacylglycerol degradation2/4503.1.1.-, 3.1.1.79
phenylpropanoid biosynthesis2/11186.2.1.12, 1.14.13.36, 2.1.1.68, 2.1.1.104, 1.2.1.44, 1.1.1.195, 1.14.13.-, 2.3.1.133, 1.14.13.11
sphingosine metabolism1/5201.3.1.27, 3.5.1.23, 2.7.1.91, 4.1.2.27
arabinose degradation2/5405.3.1.3, 2.7.1.47, 1.2.1.21
myo-inositol biosynthesis2/4501.1.1.18, 5.5.1.4
myo-inositol metabolism1/3332.7.7.74, 2.7.8.34
degradation of aromatic, nitrogen containing compounds5/9563.1.3.41, 4.2.1.-, 3.5.5.7, 3.5.99.4
acrylonitrile degradation3/4753.5.5.7
enterobactin biosynthesis1/3331.3.1.28, 5.4.4.2
IAA biosynthesis2/3671.13.12.3
aldoxime degradation2/3674.2.1.-
urea degradation1/3336.3.4.6, 3.5.1.5
allantoin degradation2/7294.1.1.-, 3.5.3.-, 3.5.3.9, 3.5.2.5, 1.7.3.3
atrazine degradation2/3673.5.99.4
catecholamine biosynthesis1/4251.14.17.1, 2.1.1.28, 1.14.16.2
aminopropanol phosphate biosynthesis1/3331.1.1.75, 2.7.1.177
fucose degradation1/4253.2.1.51, 5.3.1.25, 2.7.1.51
ribulose monophosphate pathway1/2505.3.1.27
RuMP Cycle1/2505.3.1.27
cyanate degradation1/2504.2.1.104
preQ0 biosynthesis2/3674.1.2.50
l-lyxose degradation1/3335.1.3.22, 2.7.1.53
galactose metabolism2/9223.2.1.85, 5.4.2.6, 2.7.1.6, 5.3.1.26, 2.7.1.144, 4.1.2.40, 2.7.7.12
d-xylose degradation1/9114.2.1.43, 1.1.1.175, 1.1.1.179, 3.2.1.8, 3.2.1.-, 3.2.1.37, 4.2.1.82, 3.1.1.68
catechol degradation1/3331.13.11.1, 5.3.3.4
3-chlorocatechol degradation1/4253.1.1.45, 1.13.11.1, 1.3.1.32
acetyl CoA biosynthesis1/6173.1.2.1, 2.8.3.3, 1.2.1.15, 1.2.1.18, 4.1.1.9
benzoate degradation1/1100
glutathione biosynthesis2/2100
biotin-carboxyl carrier protein assembly2/2100
anapleurotic synthesis of oxalacetate1/1100
chlorophyll metabolism1/10102.5.1.62, 1.1.1.294, 1.14.13.122, 1.3.1.75, 1.3.1.-, 1.17.7.2 , 2.1.1.11, 1.14.13.81, 1.3.1.33
chlorophyllide a biosynthesis1/5201.3.1.75, 2.1.1.11, 1.14.13.81, 1.3.1.33